La indicación terapéutica más clara de los andrógenos es el tratamiento del hipogonadismo masculino, es decir, el fracaso del testículo para producir testosterona que puede deberse a enfermedad testicular o a enfermedad hipofisaria y puede presentarse antes de la pubertad (en cuyo caso no se desarrollan los caracteres sexuales masculinos) o después de ella. En algunos tipos de anemia los andrógenos tienen utilidad clínica, ya que favorecen la producción de glóbulos rojos.
Los andrógenos se han empleado con la intención de favorecer el desarrollo muscular y aumentar la fuerza y el rendimiento atlético. Sin embargo, esta no es una indicación reconocida y conlleva el riesgo de efectos adversos. Otras aplicaciones clínicas en las que pueden emplearse andrógenos incluyen el edema angioneurótico hereditario, algunos casos de talla baja y como tratamiento paliativo en algunas pacientes con carcinoma de mama avanzado
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